脈動真空滅菌柜是在微生物承受熱力作用后，蛋白質分子的運動會加速，互相撞擊，以此致使連接肽鏈的付鍵出現斷裂，其分子由具備規律性的緊密構造，轉變成無秩序的散漫構造，大量的疏水基會在分子表面暴露，并且相互融合為非常較大的聚合體而沉淀凝固，即借助不可逆地把結構蛋白和酶破壞掉，實現殺滅微生物的目的。
脈動真空滅菌柜的使用注意事項說明：
1. 滅菌液體時，應將液體灌裝在耐熱玻璃瓶中，以不超過3/4體積為好，瓶口選用棉花紗賽。切勿使用打孔的橡膠或軟木塞；在滅菌結束后，不準立即釋放蒸汽，必須待壓力表指針回零后方可排放余氣；
2. 待滅菌的物品放置不宜過緊；
3. 滅菌完畢后，不可放氣減壓，否則瓶內液體會劇烈沸騰，沖掉瓶塞而外溢甚至導致容器爆裂。須待滅菌器內壓力降至與大氣壓相等后才可開蓋；
4. 對不同類型、不同滅菌要求的物品，如敷料和液體等，切勿放在一起滅菌，以免造成損失；
5. 必須將冷空氣充分排除，否則鍋內溫度達不到規定溫度，影響滅菌效果；
6. 現在已有微電腦自動控制的高壓蒸氣滅菌鍋，只需放去冷氣后，儀器即可自動恒壓定時，時間一到則自動切斷電源并鳴笛，使用起來很方便。
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